samoorganizacija, proces, ki poteka na osnovi fizikalnih lastnosti makromolekul; pri tem nastajajo vse kompleksnejše strukture. Samoorganizacija je pomembna v molekularni teoriji evolucije, ker z njo dokazujejo, da se lahko nukleinske kisline in beljakovine organizirajo v sistem, sposoben metabolizma oz. izmenjave snovi in samoreprodukcije ali razmnoževanja (hiperciklus, življenje). Samoorganizacija predpostavlja, da potekata selekcija in evolucija v Darwinovem smislu že na ravni molekul. To mdr. potrjujejo pojavi, kakršen je npr. nastanek ali tvorba lipidnih dvojnih slojev v celičnih stenah. Molekularni darvinizem pomeni, da daje evolucija prednost tistim molekularnim strukturam, ki so okolju najbolje prilagojene oz. ki so bolj dolgožive, se hitreje množijo ali pa oboje. Pri raziskavi samoorganizacije si znanstveniki pomagajo z velikimi računalniki in numeričnimi modeli, ki na preprost način simulirajo samoorganizacijo.