spolni kromosomi (gonosomi, heterosomi, heterokromosomi), kromosomi, ki pri organizmih, ki imajo genetsko določen spol, nosijo mdr. tudi dedne zasnove, ki vplivajo na spol. Preostali kromosomi, ki niso spolni kromosomi, so avtosomi. V telesnih celicah sta spolna kromosoma pogosto enaka le pri enem od spolov (dva enaka kromosoma X), pri drugem spolu pa sta razl. (kromosom X in kromosom Y ali samo kromosom X). V spolnih celicah (gamete) je samo po en kromosom iz para, tako da imajo samo kromosom X, kromosom Y ali pa so brez spolnega kromosoma. Če z oploditvijo nastane zigota, ki ima dva kromosoma X, se v večini primerov razvije potomec ženskega spola. Dva kromosoma X pri ženskem spolu sta npr. pri sesalcih (pri ptičih in metuljih pa pri moškem spolu). Kromosom X vpliva na razvoj spolnih znakov, pri mnogih organizmih pa je razvoj spolnih znakov odvisen tudi od kromosoma Y (samci sesalcev: XY). Pri nekaterih organizmih kromosoma Y pri samcih ni (npr. vinska mušica). Pri človeku vplivata kromosoma X in Y neposredno na razvoj spolnih žlez. Nadaljnji razvoj spolnih organov je odvisen od nekaterih kemičnih snovi v organizmu (hormoni, razvojne motnje, hermafroditizem). Na kromosomu X so poleg dednih zasnov, od katerih je odvisen razvoj spola, tudi drugi dominantni in recesivni geni (spolno vezano dedovanje). Če se s kromosomom X prenaša recesivna dedna bolezen, se v kombinaciji z drugim kromosomom X, na katerem je zdrav alel, ta bolezen ne bo pojavila. Zato so ženske lahko zdrave, četudi imajo en alel za dedno bolezen. Če pa se kromosom X, na katerem je recesivni alel, ki povzroča bolezen, prenese na sina (XY), se bo bolezen pri njem pojavila, saj nima drugega kromosoma X, ki bi lahko zakril napako (dedne bolezni). Zvečanje ali zmanjšanje števila spolnih kromosomov pri človeku lahko povzroči nenormalen telesni in duševni razvoj.