encimi [grško], zastarelo fermenti, skupina beljakovin ali proteidov, ki nastajajo v celici; delujejo kot biokatalizatorji (kataliza) in tako pospešujejo reakcije živih organizmov, sodelujejo pri sintezi, pretvorbah in razgradnji strukturnih in presnovnih elementov živih bitij. Šele po odkritju E. Buchnerja, da poteka alkoholno vrenje tudi zunaj celic (v iztisnjenem soku), so ugotovili, kako encimi delujejo. Prvi encim, ureazo, ki razgrajuje snovi v seču, je 1926 v kristalni obliki izoliral J. B. Sumner. Od ok. 2000 znanih encimov jih je izoliranih 150, za mnoge od njih pa sta znani tudi sekundarna in terciarna zgradba. Večina encimov je specifičnih za substrate (npr. določen ogljikov hidrat ali aminokislino) in tip reakcije (substratna in reakcijska specifičnost). Veliko encimov ima poleg beljakovinskega dela še t. i. prostetično skupino, večinoma vitamin. Beljakovinsko skupino imenujemo apoencim, prostetično skupino koencim, oba dela skupaj pa holoencim. Oba encimska dela imata v biokatalizi pomembno nalogo: beljakovinski del je odgovoren za substratno, koencim pa za reakcijsko specifičnost. Predel na encimih, kjer poteka kemijska reakcija, imenujemo aktivno mesto. Mnogi funkcionalni deli celice so verjetno sestavljeni iz kombinacij encimov (multiencimski kompleksi), temu v prid je tudi bolj funkcionalna prostorska razporeditev, pa tudi dejstvo, da v celici potekajo številne reakcije. Za nekatere reakcije so potrebni sklopi encimov na določenem mestu, npr. membrana mitohondrijev, v kateri so vsi encimi, ki sodelujejo pri celičnem dihanju, enako tudi dvojna membrana endoplazemskega retikuluma. Vzrok nekaterih bolezni in nepravilnosti so dedne spremembe encimov (»prirojene presnovne napake« encimopatije). Že dolgo so znani pomembni prebavni encimi: tripsin, pepsin, emulzin. Encime delimo glede na področje delovanja v šest skupin: 1. oksidoreduktaze prenašajo elektrone; 2. transferaze prenašajo skupine C1 in dušikove spojine; 3. hidrolaze cepijo glikozidne, esterske in peptidne vezi ob pomoči vode; 4. liaze cepijo vezi C–C, CO- in CN–; 5. izomeraze spreminjajo prostorsko strukturo molekul; 6. ligaze vzpostavljajo vezi C–C, CO– in CN–. Vedno večja je medicinska vrednost encimov v encimski diagnostiki.