biološko samoočiščenje aerobna razgradnja organskih substanc v odpadnih vodah ali v naravnem okolju ob pomoči mikrobov in kisika. Tako samoočiščenje z odplakami onesnaženih voda je možno samo pri velikih razredčitvah odpadnih voda in v vodah, kjer še vlada naravno ravotežje. Pri pomanjkanju kisika se pojavi (anaerobno) gnitje, ki povzroča propadanje organizmov in smrad.